Urodzony w 1964 roku w rodzinie, w której sztuka zajmowała szczególne miejsce, Pierre Hantaï w dzieciństwie pasjonował się malarstwem. Decydujący okazał się jednak jego kontakt z muzyką Bacha, który wyznaczył mu życiową drogę. Głębokie wrażenie wywarły na nim nagrania klawesynowe Gustava Leonhardta, a około dziesiątego roku życia rozpoczął pierwsze próby muzyczne: mieszkając na wsi, samodzielnie uczył się gry na niewielkim szpinecie, zgłębiając ukochany repertuar, a także muzykował kameralnie z braćmi, Marciem i Jérôme’em.
Następnie pobierał lekcje u amerykańskiego klawesynisty Arthura Haasa, a później u Gustava Leonhardta, który zaprosił go na dwa lata do swojego domu w Amsterdamie, by dzielić się z nim swoją wiedzą. W ten sposób Pierre Hantaï nigdy nie trafił do konserwatorium – rozwijał się, łącząc indywidualną pracę z nauką u wybitnych mistrzów.
Bardzo wcześnie zaczął występować u boku najważniejszych postaci świata muzyki dawnej: braci Kuijken, Gustava Leonhardta, Philippe’a Herreweghe’a, Jordiego Savalla. W tym samym czasie, wraz z braćmi i gronem bliskich przyjaciół – Hugo Reyne’em, Sébastienem Marqiem, Marciem Minkowskim, Françoisem Fernandezem, Ageet Zweistrą i Philippem Pierlotem – założył kilka zespołów muzyki dawnej, m.in. Le Lous Landes Consort, który zdobył I nagrodę na Konkursie Muzyki Kameralnej w Brugii, oraz Le Concert Français, przekształcony po kilku latach w orkiestrę kameralną.
W 1993 roku szeroka publiczność poznała go dzięki nagraniu Wariacji Goldbergowskich Bacha, wyróżnionemu licznymi nagrodami, w tym Gramophone Award, co otworzyło mu drogę na najważniejsze sceny koncertowe świata. Ma na swoim koncie liczne interpretacje i nagrania repertuaru elżbietańskiego (Bull, Byrd, Farnaby…), utworów Bacha i Couperina, a także – jako jeden z najwybitniejszych specjalistów – wieloletnią pracę nad dziełami Domenica Scarlattiego.
Obecnie szczególnie chętnie występuje z zaprzyjaźnionymi muzykami: Jordim Savallem, flecistą Hugo Reyne’em, skrzypaczką Amandine Beyer, braćmi oraz innymi klawesynistami, z którymi regularnie współpracuje, takimi jak Skip Sempé, Olivier Fortin, Maude Gratton i Aapo Häkkinen. Dyryguje orkiestrami kameralnymi i prowadzi kursy mistrzowskie w wielu krajach, jednak najczęściej występuje jako solista – zarówno we Francji, jak i w Hiszpanii, Portugalii, Włoszech, Holandii, Wielkiej Brytanii, Estonii, Japonii, Chinach oraz na Tajwanie.